A InovaSEI destaca-se pela sua organização interna. A preocupação de criar uma estrutura capaz de evoluír com a empresa e de suportar um crescimento acentuado e contínuo, sempre foi um factor que nos acompanhou desde o início do projecto.

Na InovaSEI temos bem definidos os âmbitos de operação de cada membro, quais as suas obrigações, responsabilidades e qual o seu objectivo no seio deste projecto. Éis um diagrama que ilustra de forma clara a estrutura organizativa da InovaSEI: